针对程序员因bug被扣工资是否违法的问题，具体情况需具体分析。如果企业无正当理由克扣工资，则属于违法行为。此时，员工可向劳动行政主管部门投诉或申请劳动仲裁来维权。依据《工资支付暂行规定》，只有特定情况如代扣代缴个税、社保费用，或按法院判决、裁定要求代扣抚养费等，用人单位才能代扣劳动者工资。
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解决因bug导致的程序员工资被扣问题，可采用协商、投诉举报和劳动仲裁等方式。优先选择协商解决，若双方能达成一致则最快捷；如企业存在违法行为，员工可投诉举报至劳动行政主管部门；对于较大争议，申请劳动仲裁是一个有效手段。
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扣除员工工资，特别是程序员工资时，需特别谨慎。合法扣除仅限于代扣个税、社保等费用；违法扣除则可能引发纠纷，甚至法律诉讼。处理此类问题时，企业应先与员工沟通，明确扣除原因和依据。若无法协商一致，应引导员工通过合法途径如投诉、仲裁等解决。企业应遵守相关规定，避免随意克扣工资，以维护员工权益和企业的良好形象。