工资分两公司发不违法，但需确保总额与合同约定一致。依据《中华人民共和国劳动合同法》，拖欠工资可由劳动行政部门责令限期支付。若未及时处理，可能影响员工权益，甚至引发法律纠纷。
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工资分两部分发，处理方式多样：可向劳动行政部门举报，或申请劳动仲裁，对仲裁不满还可起诉。选择时，应考量效率与成本，优先考虑和解或仲裁，以快速解决问题。
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工资分两部分发不违法。处理时：1. 若公司拖欠，先与雇主沟通解决；2. 沟通无果，向劳动行政部门举报，并提供相关证据；3. 仍无法解决，申请劳动仲裁，提交详细材料；4. 对仲裁结果不满，可在规定时间内向法院提起诉讼，维护自身权益。