双方不在一起时，若想协议离婚，可以选择诉讼离婚的方式。根据《民法典》相关规定，一方要求离婚，可直接向法院提起离婚诉讼。当法院确认夫妻感情确已破裂且调解无效时，会准予离婚。避免长时间拖延，建议尽快处理。
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对于不在一起的双方，协议离婚可通过诉讼方式实现。如双方存在较大争议或无法协商，诉讼离婚是更为合适的选择。法院将依法保障双方的权益，确保整个过程的公正性。
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双方不在一起想要协议离婚的具体步骤包括：1. 准备证明感情破裂的证据；2. 提交起诉状至法院；3. 等待法院受理并安排调解；4. 若调解无效，法院将进行审理并作出判决。请确保遵循法律程序，以维护自身权益。